Во второй половине XVIII века Гродно превратился в крупный торговый и ремесленный центр Речи Посполитой благодаря стараниям гродненского старосты Антония Тизенгауза. Литовский надворный подскарбий, будучи реформатором, основал в городе и окрестностях свыше 20 мануфактур. Для работы на этих предприятиях он пригласил немецких рабочих. Именно они и явились первыми прихожанами церкви, которая изначально находилась в здании бывшего трактира. Земельный участок вместе с трактиром в 1793 году указом короля Станислава Августа Понятовского были переданы в вечное пользование общине лютеран. А уже в 1870-х годах на месте трактира возвели кирху – памятник псевдоготической архитектуры.
Позднее к Церкви святого Иоанна достроили небольшой пасторский дом с отдельными комнатами для занятий евангелистской школы. В 1882 году кирха получила в дар 2 аптеки. Последним штрихов в строительстве церкви стала колокольня, украшенная часами. Службы в храме проводились на немецком языке, так как прихожанами продолжали оставаться приезжие из Германии ремесленники.
Две мировые войны привели лютеранскую общину в упадок, многих её представителей депортировали, кому-то удалось иммигрировать. В 1936 году было уничтожено лютеранское кладбище. На вершине храма был разрушен шпиль с крестом. Согласно одной версии, высота кирхи вместе со шпилем была больше, чем высота Покровского собора, поэтому крышу было решено «понизить». Вторая версия говорит о том, что в годы Великой Отечественной войны вражеского снайпера уничтожили вместе со шпилем храма.
В советское время в здании кирхи разместился архив, в пристройках поселили жильцов, церковную утварь передали работникам партии, орган отошел госфилармонии.
В 2013 году началась новая реставрация лютеранского храма. И сейчас кирха представляет собой здание с высокой башней, оформленной в виде колокольни, на которой на латыни выбиты слова: «Бог посылает своего сына».
Лютеранская церковь в Гродно является единственной действующей кирхой в Беларуси, каждую неделю в которой проходят воскресные службы. А ценители прекрасных звуков могут насладиться в храме концертами органной музыки.